Algunas de estas anomalías son:
- la atresia esofágica o desarrollo incompleto del esófago
- la hernia diafragmática, una anomalía del diafragma el músculo que separa el tórax del abdomen; el resultado es que parte de los órganos abdominales se desplaza hacia arriba penetrando en el tórax
- la estenosis pilórica, un trastorno en que la pared muscular del conducto que conecta el estómago con el intestino delgado es anormalmente gruesa y el conducto excesivamente estrecho, lo que hace que los alimentos vuelvan a subir al esófago en forma de vómito
- la enfermedad de Hirschsprung, en la cual una porción del intestino grueso carece de los nervios encargados de controlar sus contracciones, lo que provoca estreñimiento grave y a veces obstrucción intestinal
- la gastrosquisis y el onfalocele son anomalías en la pared abdominal que permiten que los intestinos u otros órganos abdominales sobresalgan por fuera del cuerpo
- la atresia anal, consistente en la ausencia o desarrollo incompleto del ano, que generalmente es más pequeño de lo normal y/o con la apertura ubicada en un lugar inadecuado
- la atresia biliar, en la cual las vías biliares, encargadas de transportar la bilis del hígado a la vesícula biliar, o no se desarrollan o lo hacen de forma anómala
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